- Bước 1: Khi chấm dứt hoạt động chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh, hợp tác xã gửi 01 bộ hồ sơ thông báo đến cơ quan, nơi đã cấp giấy chứng nhận đăng ký chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh cho hợp tác xã.
- Bước 2: Khi tiếp nhận hồ sơ, cơ quan đăng ký hợp tác xã:
+ Yêu cầu người đến làm thủ tục nộp bản sao hợp lệ giấy chứng minh nhân dân hoặc hộ chiếu còn hiệu lực.
+ Trường hợp được ủy quyền thì phải có giấy tờ sau: Hợp đồng cung cấp dịch vụ giữa người thành lập hợp tác xã, hợp tác xã và tổ chức làm dịch vụ nộp hồ sơ, nhận kết quả và giấy giới thiệu của tổ chức đó cho cá nhân thực hiện nộp hồ sơ, nhận kết quả; hoặc văn bản ủy quyền cho cá nhân thực hiện nộp hồ sơ, nhận kết quả theo quy định của pháp luật.
- Bước 3: Cơ quan đăng ký hợp tác xã giao giấy biên nhận khi nhận hồ sơ đảm bảo tính hợp lệ và ra xác nhận về việc chấm dứt hoạt động chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh của hợp tác xã.
- Bước 4: 
+ Hợp tác xã phải nộp lại bản gốc giấy chứng nhận đăng ký chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh khi nhận giấy xác nhận về việc chấm dứt hoạt động của chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh.
+ Trường hợp chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh đặt tại huyện hoặc tỉnh, thành phố khác với nơi hợp tác xã đặt trụ sở chính thì trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày nhận được giấy xác nhận về việc chấm dứt hoạt động của chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh, hợp tác xã phải:
Thông báo bằng văn bản cho cơ quan đã cấp giấy chứng nhận đăng ký hợp tác xã, nơi hợp tác xã đặt trụ sở chính để bổ sung vào hồ sơ đăng ký hợp tác xã;
Kèm theo thông báo là bản sao giấy xác nhận về việc chấm dứt hoạt động chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh của hợp tác xã.
+ Trường hợp chấm dứt hoạt động chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh ở nước ngoài thì hợp tác xã phải thực hiện theo quy định pháp luật của nước đó.
Trong thời hạn 15 ngày làm việc kể từ ngày được cơ quan có thẩm quyền của nước ngoài xác nhận việc chấm dứt hoạt động của chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh, hợp tác xã phải:
Thông báo bằng văn bản cho cơ quan đã cấp giấy chứng nhận đăng ký hợp tác xã, nơi hợp tác xã đặt trụ sở chính để bổ sung vào hồ sơ đăng ký hợp tác xã;
Kèm theo thông báo là bản sao giấy xác nhận về việc chấm dứt hoạt động chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh do cơ quan có thẩm quyền của nước ngoài cấp.